政府投資基金是按市場化原則運作的政策性基金，在具體項目選擇時應該堅持以下幾個方面的原則：（1）政策導向原則。（2）獨立性原則。（3）擇優扶優原則。
政策導向原則。政府投資基金與市場化投資基金最大的區別就是其出資中包含財政出資，因此政府投資基金在與市場化投資機構的合作過程中，要實現政府的政策意圖。比如創業投資引導基金的政策意圖是要引導社會資本進入到創業投資領域，增加對早期創業企業的投資。地方政府的引導基金在選擇項目或投資方案時，要貫徹當地政策導向原則，體現政府的政策意圖。
擇優扶優原則。擇優汰弱是市場經濟的基本原則。政府投資基金產生于現代市場經濟體系中，理所當然應該體現這一原則。基金與優秀的市場化投資機構合作，既可以提高政府投資基金的經濟效益，控制投資風險，也有利于進一步做大做強政府投資基金本身，提高其在產業中的影響力和帶動力，促進地區經濟增長和轉型升級。優秀的市場化投資機構的優勢可以從以下幾個方面體現：一是管理資金的規模，資金規模越大，越容易實現風險的分散化與管理經驗的迅速積累；二是投資管理人員的投資經驗和組成架構，這是一家投資機構最寶貴和核心的資源。
獨立性原則。與一般的政策性基金不同，政府投資基金處必須按市場化原則來運作，對資金的占用著必須體現有償使用。在基金的具體運作中，政策意圖不是通過行政命令或法規實現的，而是通過政策引導和市場化方式實現。為了體現政府投資基金的市場化運作，基金要避免政府部門的過度參與，要實現對投資項目的獨立評審。
政府投資基金的運作流程一般包含以下幾個方面：項目公開征集、項目受理、項目評審和項目公示。
2.1 項目的公開征集
政府投資基金受托管理機構根據基金管理委員會的要求和相關規定，面向社會公開征集合作的投資機構和投資方案。受托管理機構應通過官方網站或其他網絡媒體、報刊、雜志媒體等其他便于創投企業或投資機構獲悉的官方正式渠道發布項目征集公告，公告應明確申請扶持的投資機構應符合的條件，政府投資基金設立的投資機構運作應遵循的原則，申請報告的要求以及需要提供的其他資料，項目評審的決策程序以及截止時點。
投資機構根據政府投資基金項目征集公告，向受托管理機構提交相關材料，一般來說這些材料主要包括：（1）合作申請書；（2）基本情況證明材料，包括營業執照、稅務登記證、組織機構代碼證、法人代表身份證明、公司章程，經過審計的最近兩個財年的公司財務報告、完稅證明等；（3）內部投資決策機制、風險控制機制等內部制度文件復印件；（4）投資團隊介紹，包括主要投資管理人員的簡歷，含教育和培訓簡歷、業務專長、業績和榮譽等；（5）所管理受托的投資資金規模證明文件；（6）過往投資的企業列表，包括所投資企業的名稱、行業領域、投資時間、投資金額、占股比例、投資后運營情況等；（7）典型成功投資案例，包括投資企業概況、投資分析摘要、投資金額和比例、資金到位證明、企業最近概況、投資收益情況等；（8）合作方案；（9）其他所要求提供的材料。
2.2 項目受理
受托管理機構在收到投資機構的申請材料后，依據相關文件對投資機構提供的申報材料的真實性、完整性、準確性和合規合法性進行初步審查，以確定是否符合申請資格。對于通過初審的投資機構，受托管理機構要組織由受托管理機構內部成員、第三方機構包括會計師事務所、法律事務所從業人員組成盡職調查小組對投資機構進行盡職調查。通過盡職調查，進一步搜集信息，提出盡職調查意見，為評審委員會的項目評審做好準備工作。
2.3 項目評審
項目通過盡職調查后，應該提交評審委員會進行評審，并出具評審意見。項目評審通常以召開評審會的形式進行，評審會由受托管理機構召集，采取專家集中評審方式進行。按照相關規定，受托管理機構從評審委員會選取一定數量的專家組成評審小組，評審小組人數應為單數，小組成員中應包含一定數目的投資專家。為了保證項目評審的民主性和科學性，評審小組依據政府投資基金相關規定，對投資方案進行獨立評審。評審小組一般通過打分法對投資機構的方案進行評分，并提出評審意見。評審小組組長根據專家的評分結果和評審意見，形成最終意見，經評審專家確認后報基金管理委員會或主管機關。
評審委員會主要針對投資機構和合作方案兩個方面進行評審，評審要點主要集中在以下幾個方面：
（1）投資機構所管理的資金規模、融資能力；
（2）投資機構的公司治理結構，以及公司的投資決策機制、激勵與約束機制、風險控制機制等；
（3）管理團隊的能力與經驗。尤其是管理團隊在特定領域或行業的資源配備。比如創投基金設立時要考慮投資機構從事科技型創業企業投資管理人員的數量，相關人員是否具有在科技型創業企業投資管理方面的能力，是否具備優質的科技型創業企業資源；
（4）管理團隊的歷史投資業績。主要對投資機構主要成員投資能力的考察，一般來說也可以考察主要成員在其他投資機構的成功投資案例；
（5）合作方案是否符合政策導向，一般來說包括對財政出資的放大比例，投資于早期企業的比例，投資于本區域內企業的比例等等；
（6）合作方案的可行性，主要包括參股資金退出安排、投資機構的募集社會資本的能力等。
2.4 項目審批
基金管理委員會根據項目評審委員會的評審意見和候選投資機構的情況匯報，對投資機構的合作方案進行審核評議，并做出是否投資的決議。政府投資基金項目審批通過理事會日常會議進行，日常會議由基金管理委員會辦公室負責召集，受托管理機構在會議召集前將方案審批所需的材料及時提交。
2.5 項目公示
一般來說，政府投資基金實行項目公示制度，接受社會對政府投資基金的監督，確保基金運作的公開性。對經通過的政府投資基金投資項目，由受托管理機構對評審結果進行公示。公示的內容通常包括：選定合作投資機構的基本情況；公示的起止日期；意見反饋方式和聯系方式；其他需要公示的資料等。
2.6 執行項目投資
基金合作方案評審通過并上報備案后，由受托管理機構督促指導投資機構募集社會資金，確保按期組建基金。同時，受托管理機構應指導投資機構建立投資決策委員會，行使項目投資決策權。投資決策委員會中應含有受托管理機構委派的成員或觀察員，負責對基金投資項目合規性進行審核。項目原則上以投資機構為主進行市場化征集，經過項目立項、盡職調查、風險評估、投資決策后執行投資。項目投資實施后，受托管理機構還應當建立投資項目備案工作流程，接受投資機構項目備案，督促投資機構及時報送相關信息。
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